I principali sintomi della malattia di Crohn sono la diarrea cronica e i dolori addominali, spesso associati ad altri sintomi e segni:

• significativa perdita di peso
• febbricola
• presenza sangue nelle feci
• dolori articolari
• presenza di disturbi peri-anali
• stanchezza generalizzata

Al momento della diagnosi o più frequentemente nel corso del tempo, possono manifestarsi sintomi e segni extra-intestinali di malattia, come dolori articolari, manifestazioni dermatologiche o oculari o alterazioni degli enzimi epatici. 

Vi sono invece casi in cui la malattia di Crohn non provoca una franca sintomatologia, e la diagnosi viene posta in corso di accertamenti radiologici o endoscopici eseguiti per altre ragioni. 

Le malattie infiammatorie croniche intestinali hanno una genesi multifattoriale in cui sono coinvolti fattori genetici ed ambientali che riguardano disfunzioni del sistema immunitario, microbiota intestinale e meccanismi infiammatori ed ossidativi. 

La colite ulcerosa (o rettocolite ulcerosa) si manifesta solitamente con diarrea cronica e presenza di sangue nelle feci, a cui spesso si associano altri sintomi e segni:

• urgenza defecatoria
• contrazioni spasmodiche e dolore allo sfintere anale (tenesmo rettale)
• dolori addominali
• febbre o febbricola
• dolori articolari 

La colite ulcerosa è caratterizzata da episodi di riacutizzazione alternati a periodi di remissione. In una percentuale non trascurabile di pazienti, che si aggira intorno al 15%, possono manifestarsi gravi riacutizzazioni di malattia, caratterizzate da anemizzazione, disidratazione e febbre alta; in questi casi è indispensabile il ricovero ospedaliero urgente.